Hiện nay, việc sử dụng rộng rãi một cách không kiểm soát thuốc kháng sinh trong chăn nuôi ở Việt Nam đang làm gia tăng sự hiện diện của các chủng vi khuẩn kháng thuốc. Bên cạnh đó, việc tự do bán thuốc kháng sinh không theo đơn hay trộn thuốc kháng sinh vào thức ăn cho gia súc, gia cầm, thủy sản để kích thích tăng trưởng mà không được giám sát cho thấy thuốc kháng sinh đang được sử dụng một cách thiếu trách nhiệm gây ảnh hưởng rất lớn đến an toàn thực phẩm, sức khỏe con người cũng như xuất nhập khẩu của các mặt hàng chăn nuôi, thủy sản.
Theo thống kê từ ngành nông nghiệp thì có đến hơn 75% thuốc kháng sinh trong chăn nuôi có nguồn gốc từ Trung Quốc, nhưng không được quản lý chặt chẽ trong tiêu thụ. Do đó, có tình trạng nhiều loại kháng sinh cấm hoặc hạn chế sử dụng vẫn được nhập khẩu và buôn bán tự do. Tình trạng kháng thuốc kháng sinh đang trở thành vấn đề quan ngại hàng đầu của tổ chức Y tế thế giới (WHO). Trong đó, Việt Nam được xếp vào một trong những nước có tỷ lệ kháng kháng sinh cao nhất thế giới. Hiện tại, Việt Nam cũng như nhiều nước đã xuất hiện vi khuẩn đa kháng (kháng 2 nhóm kháng sinh) và toàn kháng (kháng với tất cả kháng sinh).
Kháng sinh được sử dụng trong chăn nuôi ở nước ta với 3 mục đích là trị bệnh, phòng bệnh, kích thích tăng trưởng. Việc bổ sung một lượng kháng sinh liều thấp vào thức ăn, nước uống giúp diệt vi khuẩn có hại, làm giảm chi phí thức ăn, tăng khả năng hấp thụ, giúp vật nuôi tăng trưởng đã từng được cho là giải pháp tốt, tuy nhiên, hiện nay trên thế giới đã hạn chế, kiểm soát hoặc cấm sử dụng vì những tác động tiêu cực của nó. Về nguyên lý, khi một loại kháng sinh được sử dụng nhiều lần với liều nhỏ, không đủ khả năng tiêu diệt vi khuẩn, vi khuẩn sẽ trở nên thích nghi, nhờn với loại kháng sinh đó khiến các chủng vi khuẩn sinh ra biến thể mới để vô hiệu hóa tác dụng diệt khuẩn của thuốc.
Việc kháng kháng sinh của vi khuẩn không chỉ gây tác hại trực tiếp tới vật nuôi mà bằng nhiều con đường khác nhau như sự tiếp xúc của người chăn nuôi, giết mổ, chất thải phát tán ra môi trường xung quanh và xâm nhập vào cơ thể con người.
Đặc biệt, ở không ít hộ chăn nuôi, trang trại, không đợi vật nuôi đào thải hết kháng sinh đã xuất bán tạo ra những tồn dư kháng sinh trong thực phẩm rất lớn. Người dân ăn thực phẩm mỗi ngày cũng là đang ăn cả kháng sinh, lâu dần dẫn đến tình trạng cơ thể kháng thuốc mà không rõ lí do.
Chính vì vậy WHO liên tục cảnh báo, mỗi năm thế giới có khoảng 700.000 người tử vong do kháng thuốc và dự báo đến năm 2050 cứ ba giây sẽ có một người tử vong do các siêu vi khuẩn kháng thuốc, tương đương với khoảng 10 triệu người mỗi năm, cao hơn cả tỉ lệ chết do bệnh ung thư.
Để khắc phục tình trạng kháng kháng sinh, điều quan trọng nhất cần làm trước mắt là nâng cao nhận thức của người dân về việc sử dụng thuốc hiệu quả cho chính trại chăn nuôi và nuôi trồng thủy sản, nhận thức về thuốc kháng sinh và kháng kháng sinh nguy hiểm với cộng đồng như thế nào. Từ đó tìm kiếm các sản phẩm thay thế kháng sinh có hiệu quả tương đương, an toàn đối với sức khỏe vật nuôi và con người. Đây là việc làm cấp thiết cần thực hiện ngay của ngành chăn nuôi và nuôi trồng thủy sản Việt Nam.
